O presidente Jair Bolsonaro é o candidato de preferência da grande maioria dos prefeitos do PSDB, que concentra cerca de um terço das administrações municipais do Estado de São Paulo, com 262 prefeituras. A estimativa do partido é que pelo menos 80% dos prefeitos apoie Bolsonaro.

Desde que o governador Rodrigo Garcia declarou seu apoio a Bolsonaro e ao candidato a governador Tarcísio de Freitas, prefeitos de grandes cidades como Duarte Nogueira, de Ribeirão Preto, e Orlando Morando, de São Bernardo, manifestaram seu apoio a ambos.

O PSDB em São Paulo firmou apoio a Tarcísio de Freitas (Republicanos) no segundo turno e seguiu a decisão da executiva nacional de liberação dos filiados na disputa à Presidência da República.